תחנת הכוח הגרעינית איחסנה מוטות דלק משומשים באתר עצמו, במקום לשלוח אותם למקום אחר.
המוטות המשומשים היו חייבים להיות מאוחסנים במרחק רב מליבות הכורים עוד לפני זמן רב מאד.
בנוסף לאש בכורים הפעילים, שטחי האחסון של המוטות המשומשים האלה עולים כעת באש גם הם.
הדבר מחמיר במידה ניכרת את הסכנה הצפויה כתוצאה מהמסת ליבות הכורים הפעילים.
במקביל לרעלים שנוצרים מחמת המסת הכורים, יש גם רעלים שנוצרים ממוטות דלק משומשים.
הדלק המשומש יוסיף רבות לזיהום כיוון שהוא רעיל ביותר. דבר זה הוא גרוע ביותר.
על פי ההיסטוריה של רעידות האדמה ביפן, המיבנה של מוטות הדלק המשומשים היה בחזקת פצצה גרעינית מלוכלכת מתקתקת, שהמתינה לרגע הנכון של רעידת אדמה מקומית כדי להתפוצץ.
ייתכן ובמיבנה שמאחסן מוטות גרעיניים משומשים בפוקושימה יש גם מוטות עם פלוטוניום, כמו בכורים עצמם.
הפלוטוניום הינו חומר דליק, שבסביבה לחה יוצר תרכובות מימן, ועלול להתלקח באופן ספונטאני גם בטמפרטורת החדר.
בסביבה שתזוהם בנשורת המכילה פלוטוניום אי-אפשר יהיה לחזור ולחיות למשך אלפי שנים.
